La storia di AMNU inizia nel 1968, allorché il Comune di Pergine Valsugana deliberò di costituire una Azienda Municipalizzata per la gestione dei servizi di igiene urbana, onoranze funebri e trasporto infermi. La competenza del servizio trasporto infermi fu poi trasferita alle Aziende Sanitarie Locali.

Nel corso del decennio 1980-1990 AMNU allargò il proprio bacino di competenza svolgendo i servizi di igiene ambientale nei comuni dell'Alta Valsugana; si attrezzò inoltre per svolgere i servizi di spazzamento stradale, sia manuale che meccanico.

Il 4 dicembre 1997, sedici dei diciotto Comuni dell'Alta Valsugana serviti da AMNU, hanno costituito AMNU S.p.A., con sede in Pergine Valsugana - Viale dell’Industria 4/L. Il capitale sociale è totalmente pubblico e la struttura operativa ed amministrativa, nonché il patrimonio iniziale sono derivati dal conferimento dell’Azienda Municipalizzata Nettezza Urbana Trasporti Funebri da parte del Comune di Pergine Valsugana.